当機構は、産業の発展及び人口の集中に伴い用水を必要とする地域に対する水の安定的な供給の確保を図ることを目的に、平成15年10月1日に設立された独立行政法人です。
上記の目的を達成するために、利根川、荒川、豊川、木曽川、淀川、吉野川及び筑後川において、各水系の水資源開発基本計画に基づく水資源の開発又は利用のための施設の新築(水の供給量を増やすものは着手済み事業等のみ)又は改築を実施するとともに、愛知豊川用水施設を含めた完成施設の管理を行っています。また、機構が管理する施設と一体的な管理が水資源の利用の合理化に資する施設の受託管理等も行うことができることとなっています。