長良川河口堰の建設にあたっては、事業の進捗に伴う環境の変化を記録し、適切な対策を講じるための各種の調査を実施してきました。
運用を開始した平成7年度以降も、長良川の河川環境の保全を図りつつ、河口堰がその本来の目的を達成できるよう、環境の変化等を追跡するための調査（モニタリング）を実施し、河口堰のより適切な運用に努めています。
長良川河口堰管理所は、国際規格ISO14001認証企業として、周辺地域の自然環境の保全と地球環境への負荷の軽減に配慮し、健全な水循環の維持に寄与すべく、積極的に環境保全の取り組みを行っていきます。
水資源機構では、事業活動に伴う様々な環境保全の取組みを全社的に行っており、平成22年度の取組みについてまとめた「環境報告書2011」を本社ホームページで公表していますので、是非ご覧ください。
セアカゴケグモ（大きい方：メス、小さい方：オス）
河口堰周辺で、強い毒性をもつ「セアカゴケグモ」が発見されています。
側溝のフタの裏などで確認されています。
見つけられた場合は、絶対に触らないようにしてください。
長良川河口堰管理所では、定期的に構内の調査を行い、発見された場合は焼却駆除を行っています。
