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ダム管理所で行った調査(採補、聞き取り)では、次の25種類の魚を確認しています。
ゲンゴロウブナ(ヘラブナ)、コイ、ワタカ、ハス、カマツカ、オイカワ、ウグイ、ホンモロコ、 ニゴイ、タモロコ、スゴモロコ、ドジョウ、シマドジョウ、ギバチ、ナマズ、ウナギ、ワカサギ、 アユ、ニジマス、サクラマス、カジカ、オオクチバス(ブラックバス)、ウキゴリ、トウヨシノボリ、ヌマチチブ
下久保ダムは陸封型アユの北限と言われています。アユの稚魚は海で過ごし、成長すると川に遡上していきますが、琵琶湖などの大きい湖では一生を淡水域で過ごすものもあります。これを陸封型アユといいますが、下久保ダムはこの陸封型アユの最北限と言われています。下久保ダムで育ったアユは次の年には天然アユとして神流川上流に遡上していきます。
また、下久保ダムでは神流川の上流にいるヤマメが貯水池に降下して銀毛化してサクラマスになります。銀毛化したサクラマスは大きく成長し60cmを越える大物も確認されています。