三波石峡は、緑色片岩と呼ばれる緑色をした巨岩・奇岩が露頭しており、四季折々に変化する周りの木々の移り変わりとあいまって、すばらしい風景を作り出しています。古くは江戸時代の初期から庭石として珍重され、自然の状態として残っているのはこの区間のみです。銘石の一つひとつに名前が付けられていて見物人も多く、ここを訪れる旅人の案内を生業にしている人もいたようです。

　また、地質学的にも大変有名です。御荷鉾緑色岩類や三波川結晶片岩類が帯状に分布するこの地層は三波川帯と呼ばれ、関東地方から九州地方まで長さ約８００kmにわたって続いており、世界的にも連続性の良い変成帯であることから盛んに研究が行われています。三波川帯の変成岩は、地下深くで比較的低温でかつ高い圧力を受けて変成したと考えられています。もともとはフィリピン方面の海底火山の活動により噴出した溶岩が、プレートの動きにより地下深く潜り込んで変質（変成）し、隆起して地上に現れたものです。

　以上のことから、見事な風景であるための「名勝」、学術的に貴重であるための「天然記念物」にそれぞれ指定されています。
　なお、「御荷鉾」や「三波川」といった名称はこの地域の地名から名付けられたものです。三波石はこの地域から名前をとったネームロックですが、同様の岩石は三重県の夫婦岩、徳島県の大歩危・小歩危でも見られます。