| 平成14年12月 |
独立行政法人水資源機構法 公布施行 |
| 平成15年10月 |
独立行政法人水資源機構 設立 |
| 独立行政法人水資源機構法施行令 公布施行 |
| 国土交通省より第１期中期目標の指示 |
| 第１期中期計画策定 |
| 独立行政法人水資源機構業務方法書の制定 |
| 12月 |
戸倉ダム建設中止方針決定 |
| 平成16年6月 |
「木曽川水系水資源開発基本計画」全部変更 |
| 平成17年3月 |
房総導水路竣功 |
| 愛知用水二期（水路施設）竣功 |
| 4月 |
「筑後川水系水資源開発基本計画」全部変更 |
| 両筑平野用水二期の機構事業化 |
| 平成18年2月 |
「豊川水系水資源開発基本計画」全部変更 |
| 3月 |
香川用水施設緊急改築（共用施設）竣功 |
| 平成19年3月 |
愛知用水二期（牧尾ダムに係るもの）竣功 |
| 平成20年1月 |
豊川用水二期（大規模地震対策、石綿管除去対策）の機構事業化 |
| 2月 |
国土交通省より第２期中期目標の指示 |
| 3月 |
第２期中期計画策定 |
| 徳山ダム竣功 |
| 6月 |
「豊川水系水資源開発基本計画」一部変更 |
| 「木曽川水系水資源開発基本計画」一部変更 |
| 木曽川水系連絡導水路の機構事業化 |
| 7月 |
「利根川水系及び荒川水系水資源開発基本計画」全部変更 |
| 平成21年3月 |
「利根川水系及び荒川水系水源開発基本計画」一部変更 |
| 「木曽川水系水資源開発基本計画」一部変更 |
| 木曽川右岸施設緊急改築の機構事業化 |
| 印旛沼開発施設緊急改築竣功 |
| 香川用水施設緊急改築(水道専用施設）竣功 |
| 平成22年3月 |
群馬用水施設緊急改築竣功 |
| 平成23年3月 |
滝沢ダム竣功 |
